Крупнейший в мире Институт геномики с помощью GPU открывает новую эру доступной персонализированной медицины

ПЕКИН — GTC Asia —14 декабря, 2011— NVIDIA сегодня объявила о том, что BGI, самый крупный в мире институт геномики, сократил время анализа пакетов данных ДНК с почти четырех дней до всего шести часов с помощью серверов на базе GPU NVIDIA® Tesla™.

Это ускорение является важным шагом к пониманию в доступной форме того, из каких химических блоков состоит молекула ДНК. Одной из важнейших целей работы всей индустрии является получение генома за 1000 долларов – только тогда геномика сможет практически использоваться в клинических анализах как часть лечебного процесса пациента.

“Мы тонем в генетических данных, которые каждый день генерируют наши высокопроизводительные машины”, - сказал доктор Бингкианг Уэнг (Bingqiang Wang), руководитель отдела по высокоскоростным вычислениям в BGI. “Ускорение с помощью графических процессоров наших приложений анализа генома позволит ученым быстро обрабатывать данные и буквально заглядывать внутрь бактерий, растений и человека. Исследователи и эксперты медицины смогут быстрее определять высокоэффективные и доступные персональные лекарства и методы лечения.”

Исследователи и сотрудники BGI разработали три приложения анализа данных генома, которые могут ускоряться графическими процессорами NVIDIA Tesla:

• Блок выравнивания SOAP3 – сравнивает короткие последовательности из секвенатора с существующими стандартными геномными последовательностями. С помощью GPU-ускорения скорость его работы вырастает на порядок. Это означает, что можно быстро организовать секвентирование и сборку отдельных геномов для сравнения с предыдущими результатами, чтобы определить будущие потенциальные состояния болезни и методы лечения.
• GSNP (определение ОНП) – GPU-ускоренная версия распространенного программного обеспечения SOAPsnp, которое определяет изменение единичного однонуклеотидного полиморфизма в ДНК генома. Эти изменения можно использовать в изучении того, как индивидуумы по-разному переносят болезни и реагируют на бактерии, вирусы и препараты.
• GAMA (инструмент генотипирования высокого разрешения) – находит распределение или частоту определенных вариантов гена, таких, как цвет глаз или предрасположение к раку предстательной железы, в наборе генов.

BGI проделывает огромную работу в секвентировании геномов широкого спектра форм жизни – от растений и кишечной палочки до больших панд, чтобы создавать более эффективные препараты, улучшать систему здравоохранения и производить генетически улучшенную пищу. В ближайшем времени результаты работы BGI превысят эквивалент в более чем 700 000 человеческих геномов в год. Это невероятный результат по сравнению с ранним этапом, когда на секвентирование одного генома уходило 13 лет.

Графические процессоры Tesla – это массивно параллельные ускорители на базе архитектуры параллельных вычислений NVIDIA CUDA®. Разработчики приложений могут ускорять свои приложения с помощью CUDA C, CUDA C++, CUDA Fortran или простых компиляторов на базе директив.

Подробнее о BGI смотрите на сайте BGI. Подробнее о Tesla GPU смотрите на странице Tesla. Подробнее о CUDA смотрите на странице CUDA.

Новости NVIDIA, информацию о компании и ее продуктах, видео/изображения и другие смотрите в новостном разделе NVIDIA.

О компании NVIDIA

Отдельные заявления данного пресс-релиза, включая, но не ограничиваясь ими, упоминающие о влиянии, доступности и преимуществах GPU NVIDIA Tesla, архитектуры NVIDIA CUDA и компиляторов на базе директив; а также о влиянии патентов компании на современные вычисления, приводятся с расчетом на будущее и могут изменяться в результате обстоятельств и рисков, приводящих к результатам, материально отличным от ожидаемых. Такие обстоятельства и риски включают разработку более быстрой или эффективной технологии, использование CPU для параллельных вычислений, конструкторские, производственные или программные ошибки, влияние технологического развития и конкуренции, изменения в предпочтениях и требованиях покупателей, выбор других стандартов или продуктов конкурентов покупателями, изменения в стандартах отрасли и интерфейсах, неожиданное снижение производительности наших продуктов или технологий при интеграции в системы, а также другие риски, указываемые время от времени в отчетах, которые NVIDIA отсылает в Комиссию по ценным бумагам и биржевым операциям, включая отчет по форме 10-Q за финансовый период, закончившийся 30 октября 2011 года. Копии отчетов для SEC опубликованы на нашем сайте и доступны у NVIDIA бесплатно. Данные, относящиеся к будущему заявлению, не относятся к будущей производительности, а только к текущему моменту, и, кроме случаев, установленных законом, NVIDIA не несет ответственность за обновление таких заявлений, чтобы отразить будущие события или обстоятельства.

© Компания NVIDIA®, 2011. Все права защищены. NVIDIA, логотип NVIDIA, CUDA и Tesla являются товарными знаками и/или зарегистрированными товарными знаками компании NVIDIA в США и/или других странах. Все другие названия компаний и/или продуктов могут являться товарными знаками и/или зарегистрированными товарными знаками соответствующих владельцев. Функции, цены, наличие и спецификации могут быть изменены без предупреждения.