GPU и OpenACC ускоряют ведущее приложение геномики для быстрого создания жизненно важных лекарств

6-кратное ускорение программы DNADist помогает Roche и другим фармацевтическим компаниям сократить время разработки лекарств

ШАНХАЙ – 6 августа, 2012— NVIDIA сегодня объявила о том, что новый стандарт программирования OpenACC позволил китайским ученым значительно ускорить работу приложения по геномике DNADist1, которое используется на ранних стадиях разработки лекарств от таких генетических заболеваний, как синдром Дауна, гемофилия, муковисцидоз и серповидно-клеточная анемия.

С помощью OpenACC компилятора от CAPS исследователи из Шанхайского Университета Цзяотун в 16 раз ускорили приложение DNADist в системе на базе графического процессора NVIDIA® Tesla®, добавив в код приложения всего четыре директивы.

На фото: серповидно-клеточная анемия: здоровая клетка - слева, больная – справа.

DNADist, приложение для расчета матриц расстояний и изучения генетической связи между различными видами ДНК во времени, позволяет ученым извлекать информацию из последовательностей ДНК при считывании нуклеотидных последовательностей, чтобы лучше понять причины наследственных заболеваний и быстрее найти способы их лечения. Ускорив работу приложения DNADist, ученые смогут изучить больше данных и быстрее получить ценную информацию для поиска более эффективных способов лечения болезни.

OpenACC, стандарт программирования для параллельных вычислений с помощью директив, позволяет миллионам ученых во всем мире направить огромную мощь графических процессоров на свои исследования. Пользователи, как с опытом параллельного программирования, так и без него, получают очень простой способ ускорения своих исследований с помощью знакомых им моделей программирования.

OpenACC и ускорение на GPU впечатлили компанию Roche

“Я поражен, как быстро и легко OpenACC раскрыл потенциал GPU в DNADist, нашем ключевом приложении, - отмечает Стив Пэн (Steve Pan), директор проектов в Roche Pharma Global Informatics. – Вклад GPU в наши разработки бесценен, потому что чем быстрее мы выведем лекарство на рынок (пусть даже на день раньше!), тем больше жизней мы спасем”.

“Для извлечения значимой информации из огромного количества данных, заключенных в последовательностях ДНК, требуется все большая вычислительная мощь, - продолжает Сумит Гупта (Sumit Gupta), старший директор по бизнесу Tesla в NVIDIA. - OpenACC позволяет ученым легко и быстро направлять огромную производительность графических процессоров на анализ несметного количества генетических данных. Это значительно сокращает время на изучение биологических систем и потенциально ведет к разработке более эффективных препаратов следующего поколения”.

Все больше ученых и инженеров используют компиляторы с поддержкой OpenACC и гибридные системы на базе CPU/GPU для ускорения разнообразных приложений, включая САПР, автоматизирование управление, обработку изображений, материаловедение, молекулярную динамику, квантовую химию и многие другие. Во многих случаях пользователи заявляют о 5-10-кратном приросте скорости и даже больше всего за пару часов работы.

Вэбинар по OpenACC, DNADist – 6 сентября, 2012

О GPU NVIDIA Tesla

Подробнее о GPU NVIDIA Tesla смотрите на странице Tesla. Подробнее о CUDA и последнюю версию ПО смотрите на странице CUDA. Смотрите новости NVIDIA, информацию о компании и продуктах, видео, изображения и другую информацию смотрите в новостном разделе NVIDIA newsroom. Следите за новостями NVIDIA в Twitter (@NVIDIATesla).

О компании NVIDIA

# # #