Ученые из Великобритании и Таиланда направляют мощь GPU NVIDIA Tesla на борьбу с новыми эпидемиями вируса H1N1

ГАМБУРГ, Германия—ISC’12—18 июня, 2012— NVIDIA сегодня объявила о том, что ее графические процессоры играют ключевую роль в исследовании, открывающим новые способы борьбы с будущей эпидемией смертельного вируса гриппа H1N1.

Основной сложностью в борьбе с вирусом H1N1 является быстрое появление новых форм, для которых такие лекарства, как Tamiflu® (осельтамивир) и Relenza® (занамивир) уже неэффективны.

Благодаря компьютерной симуляции, исследователи из Университета Бристоля в Великобритании и из университетов Bansomdejchaopraya Rajabhat и Chulalongkorn в Бангкоке изучили, как мутации H1N1 могут вызвать изменения в химической и биологической структурной динамике ключевого фермента вируса, и впервые обнаружили механизм сопротивления к существующим лекарствам против гриппа. Это открытие позволит быстро создать лекарства против подобных мутаций вируса и снизить уровень смертности в будущих эпидемиях.

Для обнаружения механизма сопротивления H1N1 команда исследователей использовала небольшой кластер с высокопроизводительными GPU NVIDIA® Tesla® для проведения симуляций в приложении молекулярной динамики AMBER, причем ей потребовалось вдвое меньше времени и пятая часть ресурсов по сравнению с кластером на CPU.(1)

Результаты данного исследования подробна изложены в последнем выпуске журнала Biochemistry.

“Четырехузловой кластер с восемью GPU позволил нам быстро провести огромное число симуляций”, - отмечает Др. Кристофер Вудз (Christopher Woods), ведущий специалист английской команды исследователей. “Мы смогли полноценно изучить все мутации вируса и создать подробную картину происходящего, чтобы быстро наметить дальнейшие шаги создания механизма сопротивления. Сравнимая система на базе CPU с 16-24 процессорами выдала бы результаты в лучшем случае за вдвое большее время. Причем, мы вряд ли смогли бы быстро провести все исследования одномоментно, так как вычислительные ресурсы нужны и другим исследователям нашего университета”.

Вслед за вспышкой вируса гриппа H1N1 в 2009 года, который поразил 89 миллионов людей (до 18 300 смертельных исходов) (2), ученые всего мира начали изучать проблему того, каким образом мутации вируса становятся устойчивыми к лучшим противогриппозным препаратам. Живые лабораторные эксперименты с вирусами достаточно сложно организовать, так как реакции протекают слишком быстро и неуловимо. Вместе с тем, ученым было также сложно получить доступ к вычислительным ресурсам больших суперкомпьютерных кластеров.

“До последнего времени проведение компьютерных симуляций для создания лекарств и борьбы с болезнями было лимитировано ограниченным доступом исследователей к дорогостоящим вычислительным ресурсам больших суперкомпьютерных центров”, - отмечает Сумит Гуптп (Sumit Gupta), старший директор по продуктам Tesla в NVIDIA. “Теперь в распоряжении ученых оказываются небольшие доступные серверы на базе GPU, открывая им свободный доступ к высокой производительности для проведения симуляций ”.

Чтобы предоставить мощь GPU для широкого круга ученых, NVIDIA запустила программу GPU Test Drive. Она позволяет химикам и биологам бесплатно проверить эффективность GPU в симуляциях молекулярной динамики на удаленном GPU-кластере. Подробнее смотрите на сайте GPU Test Drive.

О GPU NVIDIA Tesla

Подробнее о CUDA и последнюю версию ПО смотрите на странице CUDA. Смотрите новости NVIDIA, информацию о компании и продуктах, видео, изображения и другую информацию смотрите в новостном разделе NVIDIA newsroom. Следите за новостями NVIDIA в Twitter (@NVIDIATesla).

О компании NVIDIA

(1) Команда исследователей провела 10 симуляций на мутациях H1N1, что заняло примерно месяц против двух месяцев на CPU.

(2) Источник: CDC.gov.

Отдельные заявления данного пресс-релиза, включая, но не ограничиваясь ими, упоминающие о влиянии и преимуществах NVIDIA Tesla GPU; а также о влиянии патентов компании на современные вычисления, приводятся с расчетом на будущее и могут изменяться в результате обстоятельств и рисков, приводящих к результатам, материально отличным от ожидаемых. Такие обстоятельства и риски включают разработку более быстрой или эффективной технологии, использование CPU для параллельных вычислений, конструкторские, производственные или программные ошибки, влияние технологического развития и конкуренции, изменения в предпочтениях и требованиях покупателей, выбор других стандартов или продуктов конкурентов покупателями, изменения в стандартах отрасли и интерфейсах, неожиданное снижение производительности наших продуктов или технологий при интеграции в системы, а также другие риски, указываемые время от времени в отчетах, которые NVIDIA отсылает в Комиссию по ценным бумагам и биржевым операциям, включая отчет по форме 10-Q за финансовый период, закончившийся 29 января 2012 года. Копии отчетов для SEC опубликованы на нашем сайте и доступны у NVIDIA бесплатно. Данные, относящиеся к будущему заявлению, не относятся к будущей производительности, а только к текущему моменту, и, кроме случаев, установленных законом, NVIDIA не несет ответственность за обновление таких заявлений, чтобы отразить будущие события или обстоятельства.

© Компания NVIDIA®, 2012. Все права защищены. NVIDIA, логотип NVIDIA, Kepler, Tesla и CUDA являются товарными знаками и/или зарегистрированными товарными знаками компании NVIDIA в США и/или других странах. Все другие названия компаний и/или продуктов могут являться товарными знаками и/или зарегистрированными товарными знаками соответствующих владельцев. Функции, цены, наличие и спецификации могут быть изменены без предупреждения.